A KRÉTA rendszerben létre lehet hozni olyan tantárgyakat, amelyek egy másik tantárgynak – ún. főtantárgynak – a részei. A nem főtantárgyakat akkor célszerű létrehozni (pl. modulrendszerű oktatásban), ha  egy-egy tantárgy több tanórai tantárgyra van bontva.

A főtantárgyak kezelése során az alábbiakat célszerű követni:

• A „hagyományos” tantárgyakat mindig főtantárgyként kell felvenni. Ezekhez a tantárgyakhoz értékeléseket, félévi, év végi jegyeket lehet adni, és ezek a naplóban, statisztikákban mindig megjelennek.
• Azokat a tantárgyakat, az ún. altantárgyakat, amelyek egy főtantárgyhoz tartoznak, a haladási naplóban a szokásos módon be lehet írni, a félévi, év végi értékelés azonban csak akkor jelenik meg az értesítőkben és a statisztikákban, ha aktívvá tesszük a tantárgyak felvételénél az 'Altantárgyként bizonyítványban' jelölőnégyzetet, egyébként a félévi, év végi értékelést a főtantárgynak kell adni, és ebben az esetben az fog megjelenni az értesítőkben és a statisztikákban. Az altantárgyakat külön-külön tanárokhoz rendelhetik, akár náluk nevesítve, hogy az a pl.: szakmai gyakorlat óra pl.: cukrász, szakács vagy pincér. Így a tanulók/szülők napló felületén is elkülönül és látható a külön-külön tantárgyak megléte, az abban történő előrehaladása a tanulónak.